Qarabağ xanlığı Kiçik Qafqaz dağlarının cənub-şərqində yerləşirdi. Xanlığın sərhədləri Araz çayından Göyçə gölünədək, Tərtər çayından bütün düzənlik və Dağlıq Qarabağı, Zəngəzuru, Bərgüşadı əhatə etməklə Mehri, Tatev və Sisiana qədər uzanırdı. Xanlıq Şəki, Gəncə, İrəvan, Naxçıvan, Qaradağ, Cavad və Şamaxı xanlıqları ilə həmsərhəd idi.
Səfəvi dövründə Qarabağ bəylərbəyliyinin paytaxtı Gəncə şəhəri olmuşdur. Əfşar imperiyası dövründə Qarabağ vilayəti Azərbaycan bəylərbəyliyinin paytaxtı Təbriz şəhərinə tabe olur. Çünki, Qarabağ xanlığının yarandığı zaman orada sosial-iqtisadi mərkəz rolunu oynayan şəhər yox idi.
Pənahəli xan bu məqsədlə 1748-ci ildə Kəbirli mahalında Bayat qalasının tikilməsini əmr etdi. 1751-ci ildə isə Pənahəli xan Ağdam yaxınlığında Şahbulaq yaylağında daha möhkəm qala, yəni Şahbulaq qalasını tikdirib. Lakin bu qala da coğrafi cəhətdən əlverişli yerdə yerləşmədiyi üçün Şuşakənddən bir qədər aralı hündür, sıldırım dağ üstündə qalanın qalanın inşasına başlandı. Qala Pənahabad, sonra isə Şuşa adlandırılırdı.