Ханкенди отличается от других Азербайджанских городов более молодым возрастом. По архивным документам город был создан в конце XVIII века в независимом ханстве Карабах, как место отдыха Ханов.

Для удобство Ханов он был расположен в 10 километрах от столицы — Панахабад (нынешний Шуша). Также была учтена близость к важным  городам и селам, Агдама, Ходжалы, Малыбейли, Керкджахан  и другие. Оно было поселена местными — азербайджанцами. Так как в первое время там жил Хан, его семья и близкие, то среди населения его называли “Хан кенди” (Деревня Хана). Спустя некоторое время поселение получило название “Ханкенди”.