Zəngilanın əsası 636-cı ildə qoyulub. Zəngilan şəhərinin əsl adı Pircavan olmuşdur. Zəngilan həmin şəhərin və ətraf kəndlərin yerləşdiyi tarixi mahalın adı olub.
1930-cu ildə sözün kökündə “Pir” sözü olduğu üçün Sovetlər Hakimiyyəti dövründə rayona Zəngilan adı verilir. 1967-ci ildə isə Zəngilan yaşayış məntəqəsinə şəhər statusu verilir. Zəngilan rayonunda bir şəhər, 5 qəsəbə və 79 kənd mövcuddur.
Əsrin əvvəllərində rayon mərkəzinin yerləşdiyi ərazi əsasən bəylərin çəltik zəmilərindən və onların özlərinə məxsus yaşayış evlərindən ibarət idi. Zəngilan şəhəri 4 kilometrlik bir məsafədə Oxçu çayının sağ sahilində, Çeşməgözlüdən cənuba doğru əhəng quyularına qədər bir ərazidə salınmışdı
Şərqlə qərbin qovuşduğu yerdə yerləşən bölgə, ticarətdə əsas əlaqələndirici məntəqələrdən olub. Bölgənin tarixinin qədimliyini, qalalar, müşahidə məntəqələri, arxeoloji qazıntılar zamanı aşkar edilmiş maddi-mədəniyyət abidələri və nümunələri, qədim sikkələr və məişət qabları sübut edir.
1993-сü ildə Ermənistan tərəfindən zəbt olunmuş Zəngilan rayonu 2002-ci ilin oktyabr ayında zəfərli Azərbaycan ordusu tərəfindən azad olunmuşdur.